農村地區普遍采用的是水質消毒方式為氯消毒工藝，這種傳統的消毒工藝消除病毒的效率極低，并且不穩定，有時還會出現負去除，再加上管道的二次污染，水中的病原菌、病毒和病原原生動物數量不減反加。所以，在偏遠地區對于河水處理設備的推廣也要加大。
嚴重時會造成病菌或病毒性傳染病的大面積流行，例如：國內外一些地區爆發甲肝、紅眼病、陰孢子蟲病等就是由于當地自來水有關病毒病菌污染造成的。另外的安全問題來自于氯消毒工藝本身，我國水廠基本上采用氯殺菌消毒，不能有效地去除水中的有機污染，而在氯化過程中可能生成多種多樣的有機氯化物包括鹵甲烷(THMs)，并占到飲用水中合成有機物的絕大部分，三鹵甲烷這些物質基本上屬于致癌、致突變、和致畸的三致物質，長期飲用會嚴重危害人體健康。河水處理設備尤其是農村相關從業人員幾乎沒有得到相應的必要培訓，如果操作不當，更會放大其中的安全隱患。
另外，農村河水處理設備宣傳相對薄弱，用水人群對飲用水衛生認識水平偏低。這一方面與當地經濟、文化發展水平有關，另一方面也與飲用水衛生宣傳和健康教育的開展力度有關。應加大飲水衛生知識的普及和宣傳力度，加快貧困地區的經濟發展，只有當生活條件好了，并從認識上注重飲用水安全，才能從根本上的帶動水質處理相關產業的發展。
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