在國外購買超純水處理設備時，廠商會隨機附送安裝及操作、維護手冊，民眾僅需依照手冊上所說明的事項操作即可。而認證單位(在美國是國家衛生基金會，NSF)會依照凈水設備種類及其相關文件進行測試，合于標準的凈水設備 才給予認證。在國內則應以通過中國國家標準方法(CNS)的認證才是好的凈水設備，且民眾應找具有完善操作及維護手冊及良好售后服務的凈水設備廠商購買凈水設備。
每一種超純水處理設備均非萬能，購買前應先了解超純水處理設備功能與當地自來水的水質狀況，以免浪費金錢而又得不到預期的效果。例如某些水質并不適用于逆滲透法，在水中含氯或鐵過高，可能會造成薄膜受損。又如果水中含鐵過高，則會損及紫外線殺菌(UV)凈水設備的效果。此外，使用凈水設備時進水溫度應避免過高，許多凈水設備或濾心在溫度高時，處理效果變差，材料也會受損并減少使用壽命。在新使用的濾心型凈水設備或凈水單元時(包括活性碳凈水設備及陽離子交換樹脂軟水器)應先使用清水浸泡過至少15分鐘以上，或以清水沖洗，以去除濾心中之雜質。以逆滲透凈水系統而言，前置活性碳濾心及逆滲透膜各約需使用20公升左右的水沖洗，以去除碳粒及逆滲透膜保存液。
超純水處理設備濾心的更換頻率，通常可由廠商提供的操作維護手冊中得知，但必須注意通常廠商所用的水質條件及產水量是在標準的狀況下。使用者必須注意當地的水質狀況及每天用水量是否與廠商資料不同，如果原水中污染物濃度愈高，用水量愈大，則更換濾心換頻率應愈高。使用者必須特別注意，即使濾心更換時間未到，但清水水質明顯變化、口感變差或系統的產水量降低，則必須檢查可能造成的原因，例如管線連接不當、管線或濾心破裂，必要時必須更換管線或濾心。此外，逆滲透凈水設備前置粒狀物濾心更換時機除操作說明書上機外，若由肉眼判斷濾心已嚴重變成土黃色時，應考慮更換。
一般而言，自來水水質較硬的地區(如南部地區)其清洗頻率要比軟水地區為高。部分廠牌的蒸餾水機有使用前置或后置活性碳濾心，此部分濾心也有一定使用壽命，必須參考使用說明定期更換。為減少吸入過多水中揮發性氣體，操作蒸餾水機時在煮沸過程中，盡量避免接近機器的廢氣孔，在用一般開飲機或電熱水瓶，甚至于燒開水時，也必須注意這一點。
比較復雜的超純水處理設備，例如逆滲透凈水設備系統，可委托廠商三個月至半年維護一次，自行維修或更換濾心耗材時，在拆下管線或零件時，可先在管線或零件上作記號，以保證重新連接時可以接到正確位置。新逆滲透系統機器或剛更換濾心的機器，應打開水龍頭，使水流出并排放掉一段時間，避免污染物進入儲水桶。自行更換濾心時，必須注意取出濾心后，放置濾心的桶也必須清洗，以免泥砂的累積。濾心裝回去時，必須注意檢查是否有漏水。
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